Ξεχωρίζουμε τα στήθη και τα μπούτια.
Μαρινάρουμε το κρέας με θυμάρι, ελαιόλαδο, αλάτι, πιπέρι και ξύσμα λεμονιού.
Ψήνουμε σε γάστρα με καπάκι το στήθος για 30’’ λεπτά περίπου και τα μπούτια για 1.30’’ λεπτά.
Για την γέμιση των άνθων των κολοκυθιών:
Ξεκοκαλίζουμε και ψιλοκόβουμε το κρέας από τα μπούτια του κόκορα. Σε ένα σκεύος ανακατεύουμε το ψιλοκομμένο κρέας με αλάτι, πιπέρι, ελαιόλαδο, θυμάρι, ξύσμα λεμονιού, ψιλοκομμένη λιαστή ντομάτα και κατσικίσιο τυρί.
Γεμίζουμε τους ανθούς με την γέμιση και τηγανίζουμε σε μέτρια φωτιά για 2-3 λεπτά σε ηλιέλαιο με ότι πανάρισμα προτιμάμε.
Σε ενα τηγάνι σωτάρουμε τα διάφορα μανιτάρια μας με σκόρδο, βούτυρο, θυμάρι και σβήνουμε με λευκό κρασί.
Στήνουμε το πιάτο μας με ενα κομμάτι από το στήθος του κόκορα, τους τηγανιτούς άνθους κολοκυθιών και τα σωτέ μανιτάρια μας.
Με τον ζωμό από το ψήσιμο του κόκορα φτιάχνουμε τη σάλτσα για το πιάτο μας, συμπυκνώνοντας τους χυμούς και τελειώνοντας τη με φρέσκο θυμάρι, φρέσκο πιπέρι και λίγο βούτυρο.